ERP与MES是制造企业管理信息系统中重要的组成部分，二者看似有着非常相似的地方，但在管理方向上存在着很大的不同，主要体现在以下六个方面。
1.管理的目标不同
ERP的重点在于财务，也就是从财务的角度出发来对企业的资源进行计划，相关的模块也是以财务为核心的展开，最终的管理数据也是集中到财务报表上。MES重点在于制造，也就是以产品质量、准时交货、设备利用、流程控制等作为管理的目标。因为不同的企业其管理重点不同，在选择信息系统的组成时，重点也不同。集团公司、商业企业、物流企业等更着重于ERP管理，而制造企业更需要的是MES。
2.管理的范围不同
ERP管理的范围比MES大，MES管理比ERP细。企业生产资源作为企业资源的一部分，也在ERP管理的范围内，也相应有生产计划、数据收集、质量管理、物料管理等功能模块，所以往往和MES会混淆。但ERP管理的范围主要是以工作中心为单位，MES能更细致到每个制造工序，对每个工序进行任务的下达、执行的控制和数据采集、现场调度。ERP要做到工序级的管理，需要进行定制开发。
3.管理的功能不同
ERP在制造管理方面的功能主要是编制生产计划，收集生产数据。MES除了细化生产计划和收集生产数据外，还有批次级的生产控制和调度的管理功能，例如：批次级的工艺流程变更，对制造设备、人员和物料的验证控制，批次分拆、合并，批次的生产订单变更等现场调度功能。